Il formato avi non è un vero e proprio formato ma un cosiddetto contenitore.
http://it.wikipedia.org/wiki/Audio_Video_Interleave

questo significa che un file avi può essere creato da una varietà di codec che possono anche essere molto diversi fra loro.
Questo fatto spiega come mai certi file video avi vengono letti correttamente dal programma ed altri no.

Normalmente per risolvere un problema simile basterebbe scaricare il codec  che manca sul computer, installarlo e voilà il gioco è fatto.

Per sapere con quale codec sia stato creato un file video puoi usare utilizzare l'applicazione gratuita GSPOT, che trovi qui:

http://www.headbands.com/gspot/v26x/index.htm

Una volta identificato il codec usato potrai scaricarlo(gratuitamente ed installarlo da qui:

http://www.free-codecs.com/