Si te refieres a trozos de vídeo que no se han suprimido correctamente, tendrás que o bien recortarlos en Efectos de Movimiento, o bien directamente con el Plug-In de Virtual Dub de Eliminar Logo, con Logoaway, por ejemplo.

La verdad es que no sé exactamente lo que quieres hacer, es dificil ayudarte así.

Igual tienes que especificar algo más.