Hola,

Depende de las codificaciones empleadas para producir el vídeo, en general no he tenido mayores problemas empleando los contenedores convencionales. Si continúa el problema deberías procurar usar codecs diferentes que trabajen mejor con el programa. En todo caso una de las reglas básicas de la edición de vídeo es editar siempre con formatos no comprimidos, esto facilita totalmente la edición de vídeo.

Un saludo,