Te aconsejo que utilices para una correcta grabación los drivers ASIO de www.asio4all.com desde la configuración del programa. Los puedes descargar gratuitamente e instalar. Luego dentro de la configuración del programa los seleccionas para la grabación. Lo que te está sucediendo es que se está grabando todo desde el mismo canal de entrada de la tarjeta de audio y, o bien tienes activa la mezcla estéreo.