Qué formato de vídeo es? Quedan cortados en el tiempo o imagen? Qué versión de programa utilizas? Con algo de información podríamos ayudarte algo mejor.
Has probado descargándote el Quicktime Player nuevo? Quizá sea un problema de códecs nada más. No es necesario el Player forzosamente, pero suele traer el códec también.
Seguro que sí que hay una diferencia entre esos archivos. Prueba analizarlos con el programa MediaInfo para ver qué diferencias traen. El MediaInfo es gratuito y te lo puedes descargar en la red.