Aber eigentlich ist es ja Sinn einer DAW, dass man mehrere Supren nacheinander einspielen und synchron zusammenstellen kann. Bei klappte das früher z.B. mit Muma 15 Prem. mit bis zu 42 Spuren.
Sind die Objekte wirklich absolut "untereinander" positioniert? Wenn ja, könnte es die Latenz sein, die auch auftritt, wenn das bereits aufgenommene Signal hörbar "zurückkommt", während Du die zweite -ebenfalls- mit Latenz aufnimmst. Am besten 'mal den Treiber bzw. dessen Sample-Einstellung ansehen. Je weniger Samples, desto mehr Latenz. Je weniger, desto weniger, aber: auch kein Puffer, der Artefakte o.ä. verhindert plus Rechnerperformance.