Du hast ja schon einige Fragen hier im Forum gestellt und regelmäßig Tipps zur Problemlösung bekommen, auf Antworten warten die Tippgeber aber bis heute vergeblich...

Sei's drum.

Deine aktuellen Probleme basieren auf den klassischen Anfängerfehlern, die fast jeder begeht, der seine ersten Gehversuche mit dem WD macht.
Da Du schon min. 8 Monate mit dem WD arbeitest, dürfte Dir das aber nicht mehr passieren.

[...] Die erste Seite (Index Seite) wird oben abgeschnitten [...]

Dann ragt sie im Editorfenster oben über die Seitenbegrenzung hinaus. Abhilfe schaffst Du, wenn Du die Oberkante der Seite nach oben ziehst oder den kompletten Seiteninhalt nach unten verschiebst.

In der Hilfedatei findest Du eine mögliche Erklärung und das Verfahren zur Änderung:

[...] Die Navigationsleisten sind nicht sichtbar [...]

Dann hast Du sie entweder ausgeblendet (Augensymbol in der Seiten- & Ebenen-Galerie ist rot) oder Du hast die Navigationsleiste auf eine falsche Ebene gezogen. Sie ist 2-teilig und die Teile gehören unbedingt in die MouseOff- und in die MouseOver Ebene.

[...] verschiedene Links funktionieren nicht - es erscheinen leere Seiten [...]

Du hast auf Deiner Site einen Link zu einer nicht existierenden Seite "blog.htm" mehrfach vergeben. Da die Seite nicht auf dem Webserver liegt wird ganz korrekt eine leere Seite mit einer Fehlermeldung angezeigt.

Andere Links, z. B. der zum Impressum, führen auf eine bestehende Seite ohne Inhalt im Body. Sehr wahrscheinlich liegt der Inhalt in einer falschen Ebene (MouseOver?).
Prüf' das mal und verschiebe den Inhalt ggf. in die richtige Ebene = MouseOff.

Viel Erfolg