Da wirst du leider eine Eingabe bei Apple machen müssen, dass die i-Dinger endlich mit Flash umgehen lernen. Das Problem scheint mir in erster Linie dort zu liegen .
Wenn du möchtest, dass deine Seiten aktuell auch in Apfelgeräten aufrufbar sind, dann hast du dir leider das falsche Programm ausgesucht. Mit dem Webdesigner geht das; genauso wie mit anderen HTMLgestützten Programmierprogrammen.
Man hat aber munkeln hören hier im Forum irgendwo, dass Magix da irgendetwas in Arbeit hat. Aber das wird sicher noch etwas dauern. Ich könnte mir gut vorstellen, dass es sich dabei auch erstmal "nur" um eine abgespeckte Darstellungsmöglichkeit für mobile Geräte handelt. Also eine Art Druckseitendarstellung.