carissimo Giovanni ti ringrazio dela risposta, ma purtroppo quello che mi hai detto di fare son tutte cose che avevo già provato, anzi, oltre a quelle li ho cancellati anche dalla cartella dei backup ma come eseguo l'operazione esporta mi ricompaiono tutti nelle cartelle dove li ho canellati e quindi se pubblico mi ritornano anche nella cartella del server. Ogni volta che fo una pubblicazione dovrei andare nella cartella del server e cancellare i vecchi PDF... onestamente mi sembra una cosa non molto pratica...

Se non vuoi cancellare i vecchi PDF, dovresti mettere dei nomi o numeri, per esempio "documento1" e nel momento che inserisci un nuovo PDF rinominarlo "documento1" in modo che il vecchio viene sovrascritto sia nella cartella che nel server.
Chiaramente se vai a riprendere i lavori di Backup (Che sono coppie di sicurezza) troverai sempre i vecchi file, che servono per recuperare il materiale in caso di un crash del programma che potrebbe compromettere un intero progetto.
Per quanto riguarda il materiale messo nel tuo host se non li cancelli tu rimangono li a occupare spazio, per tanto bisogna fare pulizia manualmente, ma questo vale con qualsiasi programma per fare siti Web.
Se utilizzi il sistema operativo win7, puoi collegarti al server da una cartella qualsiasi del PC, e nella barra degli indirizzi inserire FTP://indirizzo server (Come fai con il programma ftp) e nella cartella comparirà tutto quello che hai nel tuo spazio web, come se fosse nel tuo PC, per tanto eliminare o aggiungere file o pagine è semplice come spostare un file da una cartella all'altra.
Più facile di così

Evidentemente non ci siamo capiti sicuramente per colpa mia.... i vecchi PDF intanto è chiaro che li devo nominare altrimenti avrei problemi a utilizzarli visto che ne uso parecchi ma io li voglio cancellare, anzi cancello ogni volta quello vecchio e poi importo sul progetto quello nuovo.Quando eseguo la pubblicazione del progetto modificato, normalmente web designer 7 e web designer 9, mi caricano tutti i file modificati o aggiunti ed eliminano automaticamente quelli che ho tolto dal progetto. questo succede con tutti i file del progetto meno che per i PDF in questione, che, mi carica si quello nuovo ma non mi cancella automaticamente dall'Host quello che ho tolto dal progetto.Non solo, anche dopo aver cancellato manualmente i vecchi PDF dalla cartella del computer e dalla cartella nel mio HOST che sono le prime cose che ho sempre fatto da quando ho notato questo problema,appena eseguo la pubblicazione del progetto con il nuovo PDF mi ricompaiono nella cartella del mio Host anche tutti i PDF vecchi e cancellati precedentemente sia dal progetto che dalla cartella del Computer. Evidentemente c'è qualcosa in questi programmi che mandano i file PDF o simili tipo flash o altro in una cartella che io non so trovare e li riadoprano ad ogni pubblicazione del progetto.Lo so che è facile eliminarli dall'host, io adopro moltissimo l'utilizzo diretto del mio host attravero FileZilla Client ed è di estrema semplicità con tutti i sistemi operativi, ma siccome questo problema che vorrei risolvere mi reinserisce nell'host i vecchi PDF che non mi servono più e la lista si allunga tutte le volte mi secca, anche se come dici tu è una cosa facile e veloce, dover andare a cancellarmi di nuovo sempre la solita lista di PDF ogni volta che modifico il progetto.Evidentemente come ti ho detto prima andranno in una cartella che io non so trovare...

Finalmente ho risolto il problema...
i file Pdf e simili vengono salvati oltre che nella cartella "index_htm_files" anche in una cartella di nome "nomesito_web_files" e li rimangono anche se li elimino dal progetto. Basta eliminarli da questa cartella e quando ripubblico il progetto vengono eliminati automaticamente anche nella mia cartella Host. Comunque ti ringrazio tanto per l'interessamento