Wbsite Maker è un sevizio on_line quindi non è un programma che si installa nel pc e fa siti in formato Flash.
Web Designer e un programma che si installa nel pc.
Dire quale dei 2 è migliore è difficile, dipende dai gusti personali
Un vantaggio di Website Maker è che non devi installare nulla nel pc e i progetti rimangono nel server di magix, quindi puoi lavorare il tuo progetto con qualsiasi computer anche se ti trovi fuori casa e senza portatile, in quanto è tutto on_line, uno svantaggio e che se manca la connessione non puoi lavorare.
Per Web Designer invece puoi lavorare in Off_line in quanto il programma è installato nel PC, unico svantaggio e che se salvi un progetto e lo vuoi modificare con un'altro pc devi avere lo stesso programma.
Secondo me ti conviene provarli entrambe, Website Maker lo puoi anche utilizzare in versione Free (Con delle limitazioni), basta che ti crei un account e vedi come funziona, prova almeno per qualche settimana, tanto per farti una piccola idea, e guarda anche qualche video tutorial, in modo da capire meglio.
La stessa cosa la puoi fare con Web Designer, ti scarichi la versione di prova e la utilizzi per un paio di settimane, anche in questo caso ti consiglio di guardare i tutorial 
Video Tuorial Per Website Maker click QUI
Video tutorial pe Web Designer click QUI per i PDF da scaricare click QUI