Premetto che non utilizzo il tuo programma, ma per logica lavorerei in modalità timeline e *dividerei* il montaggio in più parti ben stabiliti (*Tagli), In modo d'avere in fase di masterizzazione tutti i tagli fatti e quindi creare i capitoli.
Ora se il tuo software ha la possibilità di inserire i Marker, ancora meglio in quanto si possono spostare nei punti desiderati e se non vanno bene li sposti a piacere.