se non ricordo male il 2008 plus salva il rpogetto prima della masterizzazione in un fomato diverso da quello del proggetto lavorato,per cui se c'è stato un errore che magari devi individuare e continui a riproporlo per masterizzare continui a portarti dietro anche l'errore,cerca il proggetto salvato ed eliminalo,ripassa il video magari hai messo qualche transazione di troppo o troppo pesante da codificare insomma ritoccalo un pò.
per quanto riguarda l'eportazione assicurati che se nelle opzioni di esportazione c'è il flag nella casella esporta solo area selezionata ,i marcatori di inizio e fine siano posizionati in modo corretto ,cioè all'inizio e alla fine,altrimenti puoi togliere la spunta e tutto il filmato viene esportato