La tua domanda è riferita a Website Maker, ma in realtà che programma usi?
1) se usi Website Maker non ho capito cosa intendi dire
2) se usi Web Designer, è normale che ogni pagina sia un file distaccato, poi le varie pagine (se sono 10 vedrai 10 file htm diversi) saranno collegate tra loro attraverso i collegamenti ipertestuali.