dopo esserti accertato che nelle impostazioni del programma siano attivate le spunte come immagine:

   http://i43.tinypic.com/t0j1c1.jpg

prova ad adottare altri sistemi,dividire l'audio dal video,se ancora non risolvi una volta diviso,esporta solo la traccia audio in uno dei due formati wave o mp3,per poi reimportarlo,e nuovamente incorporarlo con il video.

Prova anche ad importare un altro clip video,possibilmente ,che non abbia la stessa sorgente di quello che ti crea il problema,in windows c'è un filmato campione che puoi utilizzare,in modo da capire se è il programma,o il codec del filmato a generare questa situazione