Non è una cosa banale, infatti per eliminare i file che non utilizzi più, devi andare nel tuo host ed eliminarli manualmente.
Ora tutto diventa problematico se il materiale si trova sparso nel tuo server, quindi bisogna organizzarsi prima e creare delle cartelle con dentro determinati file, per esempio: creare una cartella che contiene video, una che contiene l'audio, una che contiene immagini ecc, e ricordarsi di tirare via la spunta su "Pubblica solo file modificati, da riattivare solo quando al tuo sito vengono aggiunti nuovi file, in modo da non rifare tutto l'FTP del progetto.
In questo modo se tu crei una cartella dove inserire file di prova, una vota verificato il funzionamento, dal tuo PC dove hai il progetto elimini dalla cartella di prova tutti i file e ripubblichi la cartella vuota, quindi questa verrà riscritta nel server con il contenuto vuoto. Semmai per qualsiasi ragione dovrebbero restare i file nella cartella di prova, allora entra nel tuo spazio web e elimini la cartella.
Tutto il resto al di fuori delle cartelle devono essere cancellate una par una, a meno che, quando modifichi il progetto, non utilizzi gli stessi nomi dei file esistenti nel tuo host, questi verranno sovrascritti con i nuovi file