Mi rispondo da solo...
Al di là che i risultati sono praticamente identici sia esportando con il codec interno di Magix, sia esportando con il codec di Mainconcept, il problema è dato dal fatto che quando attivo nel mio pc la Nvidia come dispositivo di riproduzione video per l'accelerazione hardware l'esportazione produce un file corrotto.
Lo stesso problema non si verifica con il codec Magix come ho constatato facendo più test.
Evidentemente questa scheda non è molto gradita al codec mpeg di Mainconcept...