Tienes que tener en cuenta que algunos archivos no son adecuados para la edición, sobre todos los que comprimen los archivos, entre esos por ejemplo MPEG-4 o WMV. Es importante tener en cuenta que lo ideal es que sean archivos no comprimidos, has intentado adaptarlos por ejemplo a MPEG-2? Que tarjeta de vídeo usas? La tienes actualizada?Cuantas pistas estás editando al mismo tiempo?