Lo que me pasa es que las modificaciones que quiero hacer posteriormente, me las deja entrar con el arreglador, hago aplicar cambios, pero al volver a entrar con el arreglador los cambios no los ha guardado.

Depende que modificaciones estes realizando, y que menu tengas seleccionado, ya que funciona con mascaras la mayoria de ellos, dime un caso concreto, y que resultado quieres obtener, para darte la posible solucion.

Aqui tienes un ejemplo, para modificar los videos por defecto:

Tambien me gustaria que alguien me explicase como puedo fabricarme los efectos de video, sobre todo los de movimiento. Hasta ahora he cogido los efectos que hay en los menus existentes, los he copiado y los he aplicado en otro video que he añadido en el menu, pero no se como hacerlo partiendo de cero, salen lineas inclinadas en el video, cuadraditos dentro de las lineas, pero no se como ponerlas, no se si es trabajando con eje x y eje y, que tampoco se como entrar en ellos.

 

Asi es, para la mayoria de efectos personalizados, debes de realizarlos marcando Keyframes, por ejemplo para un zoom en la version 16: