Los frames negros aparecen, por ejemplo, cuando una región de loop se extiende sobre el final del último evento de un proyecto. Esto tiene sentido si deseas, por ejemplo, hacer desaparecer la imagen tras los frames en negro.
Los frames negros también pueden aparecer al comienzo del vídeo, si hay espacio libre antes del evento de vídeo. 

Si no quieres exportar estos frames negros, debes asegurarte de que la región de loop tenga la misma extensión que el material de vídeo del proyecto.
Además, debes activar la opción "Render loop region only" antes de la exportación.