Das dürfte an einer falschen Halbbildreihenfolge liegen, sowie die Files in der Timeline liegen mit der gleichen Fileorder den Encoder einstellen!!!
NACHTRAG: Na den eine Erklärung zur Videoverarbeitung. Ein Video wird normalerweise Interlaced aufgenommen, also Halbbilder, da gibt es ein unteres und oberes Halbbild, das in der Glotze wieder zusammen gesetzt wird.
Wenn dein Video jetzt mit den oberen Halbild (TFF) beginnt und dein Encoder steht auf unters (BFF), dann kommt es zu den von dir beschriebenen Effekt.
Sieh doch mal in die Objekteigenschaften deines Videos.
Wenn die Ausgabe auf den PC erfolgen soll dann sollte man progressiv wählen, also keine Halbbilder, ebenso bei der Ausgabe auf LCD TV die mittels HDMI angeschlossen sind.