Indem du in einer neuen Projektdatei völlig neu beginnst und nach Fertigstellung die entsprechenden Zugangsdaten des FTP eingibst und veröffentlichst.
Wenn du ganz gründlich sein willst, kannst du die alten Daten vorher auf dem Server per Hand löschen. Aber grundsätzlich wird dann eine neue "index"-Seite erstellt, die die alte überschreibt. Gleiches gilt für alle Seitennamen, die es voher schon gab. Auch der index-Ordner mit den Hilfsdateien wird überschrieben.
Ich hoffe, dass war deine Frage ... falls nicht, müsstest du sie bitte konkretisieren. Gruß Marboe