Esto pasa porque hay frames vacios o dropped frames, es decir, que la imagen no se está importanto correctamente. Se puede corregir en material MPEG con la opción de Crear nueva tabla de fotogramas y en los otros materiales es muy complicado de corregir. Puedes utilizar un programa como el ProjectX para separar el audio del vídeo y sincronizarlo luego en el programa en pistas separadas. También puede ser que el modo de visualización que tienes asignado en el programa no sea el justo.

Saludos!!