Du schreibst einmal von "gemeinsam verarbeiten" und einmal von "umwandeln"....
Das Filmmaterial legst Du einfach in die Timeline und exportierst am Ende in einem von Dir gewünschten Format, mehr ist nicht zu tun. Wobei die Software fehlende Frames nicht erfinden kann, sondern einfach bestehende Frames verdoppelt, um auf die höhere Framerate zu kommen. Bei schnellen Bewegungen fällt das u.U. auf, aber anders geht es nicht.
Wenn du Videoclips mit unterschiedlichen Frameraten in einem Projekt verwenden willst, dann kannst du die Videos deren Framerate von der Projektframerate abweicht Timestretchen. In der Effektseite "Geschwindigkeit" wählst du für diese Clips die Projektfamerate aus. Damit werden die Clips langsamer abgespielt, aber es gibt keine Bildsprünge mehr.