[...] es wird aber nur eine index.htm Datei gespeichert. [...] Woran kann das liegen? [...]

Du hast eine sogenannte "onepage" Site erstellt, die der WD immer dann anlegt, wenn Du die Seiteneffekte aktivierst:

Damit lassen sich zwar "nette" Effekte erzielen, ein Nachteil ist aber, dass alle Seiten der Site in einer HTML Datei zusammengefasst werden, was u. a. die Ladezeiten deutlich erhöht... 😝

Wen Du die optischen Effekte nicht unbedingt haben willst, bist Du i. d. R. besser beraten, Deine Site als "normale" Website aufzubauen.