Deine Frage wäre IMHO besser im Technikteil des Forums aufgehoben.
Deine Vermutung, dass der WD das Problem ausgelöst hat, ist wohl nur teilweise berechtigt.

AFAIK kann der klassische runtime Error verschiedene Ursachen haben:

• fehlende DLL-Dateien (z. B. durch eine zu "gründliche" Registry Säuberung)
• beschädigte/fehlende C++ Laufzeitkomponenten
• beschädigtes/fehlendes .NET Framework
• beschädigte/fehlende WebDesigner Programmkomponenten

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Abhilfe:

• Melde Dich am System als Admin an und starte das Systemdatei-Überprüfungsprogramm. Gib dazu in Windows unter "Start / Ausführen", den Befehl "sfc /scannow" ein und bestätige mit "OK".
  Achte darauf, das Leerzeichen nach "sfc" einzugeben.
  Eventuell brauchst Du die Windows CD, damit ggf. fehlende Dateien nachgeladen werden können.
  Nach einem Neustart kannst Du den WD testen. Mit ein bisschen Glück ist das Problem dann schon behoben.

Wenn das nicht geholfen hat:

• Deinstalliere den WebDesigner vollständig und führe anschließend eine Neuinstallation durch.
  
  Die komplette Deinstallation gelingt manchmal erst, wenn Du dazu das von Magix entwickelte Tool benutzt, das Du hier, nach Anmeldung, herunterladen kannst.

Wenn auch das nicht geholfen hat:

• Führe bitte eine Neuinstallation der Microsoft Visual C++ Laufzeitkomponenten durch.
  Microsoft stellt im Supportbereich alle dafür nötigen Downloads zur Verfügung.
  Hier findest Du z. B. eine Version. Wenn die nicht der bei Dir installierten Version entspricht, musst du auf den MS Seiten die passende suchen...

Wenn auch das nicht geholfen hat:

• Installiere das benötigte .NET Framework neu. AFAIK benötigt der WD6 die .NET Version 3.5
  Hier kannst Du die Version von einer MS Seite herunterladen

Für alle o. a. Tipps gilt, dass Du nach einer Reparatur/Neuinstallation, den PC neu starten musst, bevor Du weitere Tests durchführst.

Sollte keiner der Tipps zum Erfolg führen, bleibt Dir als letzte Möglichkeit noch die Neuinstallation des Betriebssystems (Windows 7). Aber natürlich kannst Du vorher noch mal eine der Suchmaschinen im WWW konsultieren. Vielleicht findest Du da noch den ein- oder anderen Tipp, der die "Erlösung" bringt

Viel Erfolg