[...] Links verschwinden und der alte Link (auf Datei) erscheint wieder. [...]
Wenn kein Bedienungsfehler vorliegt, könntest Du das Problem ggf. dadurch lösen, dass Du die geöffnete WD6 Datei unter einem neuen Namen mit dem XD pro speicherst.
Nach dem erneuten Öffnen der (jetzt) XD pro Datei ist das Problem wahrscheinlich erledigt.