[...] Langt jetzt ein Deinstallieren der Software? [...]

Für die Dateien, die auf dem Webserver liegen, genügt das sicher nicht. Allenfalls werden bei der Deinstallation die vom Programm generierten Dateien auf Deinem PC gelöscht und das sollte auch nur nach vorheriger Nachfrage und Bestätigung durch Dich passieren.

[...] Verschwinden dann auch die ganzen Ordner im FileZilla? [...]

FileZilla hat als FTP Dateimanager keine Dateien gespeichert. Da werden nur Dateien angezeigt, die auf dem Webserver liegen. In Teilbereichen werden von FZ auch Dateien angezeigt, die auf Deinem PC liegen.

Du kannst mit FZ natürlich alle- oder einzelne Dateien auf Deinem Webspace manuell löschen

ich weiß nicht was zu was gehört 😎, denn in meinem html-Ordner befindet sich ja auch mein Forum.

Wenn Du die Dateien, die zu Deinem Forum gehören, in die mit dem WD neu erstellte Site übernommen hast, sollte es kein Problem geben, wenn Du alle Dateien auf dem Webspace löschst, bevor Du die neu erstellte Site auf dem Webspace ablegst.
Hast Du das Forum (Dateien die zu den Forenbeiträgen gehören) aber nur in die neue Site eingebunden (z. B. per iframe) dann darfst Du sie natürlich nicht auf dem Webspace löschen!

[...] ich weiß nicht was zu was gehört [...]

Welche Dateien zum Forum (zu den Forenbeiträgen) gehören, das lässt sich nicht pauschal sagen. Es ist empfehlenswert, zunächst alle Dateien, die sich derzeit auf Deinem, Webspace befinden, als Sicherungskopie herunterzuladen (das geht mit FZ), dann veröffentlichst Du die neue Site mit dem WD. Dabei werden alle Dateien überschrieben, die einen mit einer neu veröffentlichten Datei identischen Namen haben. Anschließend kontrollierst Du, ob alles wie gewünscht funktioniert...

Probier's mal