Ich benutze Video Pro X 1.5 
Unter dem Pfad
Datei/Einstellungen/Programm und dann Verzeichnisse 
werden die Pfade eines Projektes eingestellt.
Ich finde bei mir allerdings immer die letzte Einstellung, auch wenn ich ein anderes Filmprojekt öffne.
Jedes Filmprojekt hat einen eigenen Ordner. Wenn man allerdings vergisst, beim Projektwechsel, den oben genannten Pfad zu ändern, werden die Daten im falschen Verzeichnis gespeichert.

Kann man diese Einstellungen auch Projekt bezogen speichern?

Im Moment ist es lästig, jedesmal die Pfade neu einstellen zu müssen.